Початок місту поклав Томський острог, збудований загоном служилих людей в 1604 році. Для зведення острога було вибрано місце на правому березі річки Томі, що дала імя майбутнього міста. Поряд з острогом швидко утворився посад, заселявшийся служивими людьми і російськими переселенцями.